重庆南开中学坚持全面推进素质教育，不断提高教育质量。自20世纪80年代开始，南开中学就率先以课程设置改革为突破口，探索学校内涵发展、特色建设的新途径。目前学校已经建立起了有南开特色的必修课－选修课－自修课和学科课程－活动课程－隐性课程有机结合、相互补充的课程体系。南开中学每学期开设40余门选修课，特色活动课程“南开讲坛”邀请了中科大校长朱清时、香港理工大学校长潘宗光，以及北大、清华、人大、南京大学等著名高校的院士、教授、学者前来演讲，每周一讲，已逾190讲，并正式出版了《南开大讲堂》第一辑、第二辑。
近年来，南开中学在重庆市中考中表现优异，成绩名列前茅。2013年中考，南开中学初2013级2班谢添同学在2013年中考以总分724.5分荣获沙坪坝区中考第一名。整个沙坪坝区700分以上的人数为186人，南开中学有89人，占47.8%，高分人数占绝对优势。700分以上有89人，695分以上有151人，690分以上243人，685分以上有329人。从高分比例、各分数段比例来看，南开中学均在全市名列前茅。
