目前南开中学已经建立起有南开特色的必修课－选修课－自修课和学科课程－活动课程－隐性课程有机结合、相互补充的课程体系。
南开中学每学期开设40余门选修课，特色活动课程“南开讲坛”邀请了中科大校长朱清时、香港理工大学校长潘宗光，以及北大、清华、人大、南京大学等著名高校的院士、教授、学者前来演讲，每周一讲。
南开中学目前开设有培优班和培优课程。新初一学生入学以摸底考试来进行培优选拔，入学考试成绩约前400名可选择进入培优班，培优内容为数学和语文。 培优班班内的成员根据成绩每年都有变动，成绩好的学生可以通过自己的努力进入培优班，部分成绩下降的同学被淘汰。培优班上课时间是每周星期二星期三下午第三节课，培优班的学生，这个时间上培优课，其他学生，这个时间上兴趣班。
